【備忘録】Rstudioでrjagsする時の小技
岩波データサイエンス Vol.1 の「JAGSを使って」の章で、RStudioでrjagsを使用していてハマったので自分用メモ
textConnectionを使おう
rjagsでは、
model <- jags.model(
file=model.file,
data=list.data,
init=list.inits,
n.chain=n.chain
)
といった形で、テキストファイル等、別ファイルでモデル式を記載しなければならないが、いちいちファイルに書き出すのは面倒である。
を参考にさせて頂いた。
model.a<-"
model
{
for # 以下、モデル式を定義
}
"
model.file=textConnection(model.a) # 上記モデル式をテキスト情報に
としてしまえば、いちいち書き出す必要がなくなる。
”Error in plot.new() : figure margins too large”への対応
RStudioを使っていると、グラフエリアが小さいため時々、でっかくて表示できないよバーカ！と言われる。
見るためだけなら、
dev.new()
plot(mcmc.result) # 結果を格納したデータは普通にplotだけでOK
dev.off()
と新しいウィンドウを開かせて、スクロールするとグラフが確認できる。
見終わったらdev.off()で閉じれば良い。
或いは、閲覧性を考えると
pdf("plot1.pdf")
plot(mcmc.result)
dev.off()
のように、PDF に出力する方が、閲覧性は良いかもしれない。
ggplot2のように出力する方法もあるようだがちょっと面倒そう。
R, JAGS and ggplot2denishaine.wordpress.com
その他、大変参考になったリンクをメモ
