読者です 読者をやめる 読者になる 読者になる

広告/統計/アニメ/映画 等に関するブログ

広告/統計/アニメ/映画 等に関するブログ

【備忘録】Rstudioでrjagsする時の小技

R 統計

岩波データサイエンス Vol.1 の「JAGSを使って」の章で、RStudioでrjagsを使用していてハマったので自分用メモ

textConnectionを使おう

rjagsでは、

model <- jags.model(
  file=model.file,
  data=list.data,
  init=list.inits,
  n.chain=n.chain
)

といった形で、テキストファイル等、別ファイルでモデル式を記載しなければならないが、いちいちファイルに書き出すのは面倒である。

introndatalab.com

を参考にさせて頂いた。

model.a<-"
model
{
 for # 以下、モデル式を定義
}
"
model.file=textConnection(model.a) # 上記モデル式をテキスト情報に

としてしまえば、いちいち書き出す必要がなくなる。

Error in plot.new() : figure margins too large”への対応

RStudioを使っていると、グラフエリアが小さいため時々、でっかくて表示できないよバーカ!と言われる。

見るためだけなら、

dev.new()
plot(mcmc.result) # 結果を格納したデータは普通にplotだけでOK
dev.off()

と新しいウィンドウを開かせて、スクロールするとグラフが確認できる。
見終わったらdev.off()で閉じれば良い。

或いは、閲覧性を考えると

pdf("plot1.pdf")
plot(mcmc.result)
dev.off()

のように、PDF に出力する方が、閲覧性は良いかもしれない。

ggplot2のように出力する方法もあるようだがちょっと面倒そう。

R, JAGS and&nbsp;ggplot2denishaine.wordpress.com

 

その他、大変参考になったリンクをメモ

hikaru1122.hatenadiary.jp

生態学データ解析 - R で JAGS (rjags 編)